تم تصميم المتحف ليضم 3 قاعات، قاعة بوتو تضم آثار تل الفراعين و قاعة العرض الرئيسية وتضم عدة قاعات مقسمة تقسيما موضوعياَ وتاريخيا حسب العصور التاريخية المختلفة، بما فيها عصر الأسر الفرعونية، والعصرين اليوناني والروماني، بالإضافة إلى عصور الحكم البيزنطي والقبطي والإسلامي.و قاعة العرض الدوري ويتم فيها عروض دورية متنوعة محددة فيها ديناميكية العرض المتحفي المتغير